Precuela de los cómics del hombre murciélago, centrada en la adolescencia de Bruce Wayne. Definida por sus responsables como una especie de Smallville, desarrollará además la vida de Jim Gordon como policía, y la enlazará con el origen del mito del hombre murciélago y de otros villanos como El Pingüino.
Gotham sigue el ascenso de Gordon a través de una ciudad peligrosamente corrupta balanceándose al borde del mal. Creciendo en los suburbios que rodean Gotham, Jim idealizó la ciudad como una glamorosa y emocionante metrópolis donde su difunto padre sirvió como un exitoso fiscal del distrito. Ahora, con dos semanas en su nuevo trabajo como detective y dedicado a su amada novia, Barbara Kean, está viviendo su sueño, incluso esperando restaurar la ciudad a la versión pura que recuerda de cuando era niño.
Gordon llega al Departamento de Policía de Gotham, liderado por la capitana de Policía, Sarah Essen. Valiente, honesto y listo para probarse a sí mismo, el recién nombrado detective se asocia con Harvey Bullock, un renombrado miembro de la fuerza policiaca de la ciudad, mientras se hacen cargo del caso de más alto nivel en la historia de Gotham: el asesinato de los millonarios locales Thomas y Martha Wayne.
En la escena del crimen, Gordon conoce al único superviviente: el hijo de 12 años de los Wayne, Bruce; hacia el que el joven detective siente una inexplicable afinidad. Movido por la profunda pérdida del chico, Gordon promete atrapar al asesino. En el camino se enfrentará a las imposiciones de la jefa mafiosa Fish Mooney, y varios de los personajes que se convertirán en algunos de los villanos más renombrados y duraderos de la ficción, incluyendo a una adolescente Selina Kyle y Oswald Cobblepot.
A lo largo de la historia, Gordon forma una extraña amistad con el joven heredero de la fortuna Wayne, que está siendo criado por su imperturbable mayordomo Alfred. Es una amistad que durará toda su vida, jugando un papel crucial en ayudar al muchacho a convertirse más adelante en el legendario vigilante nocturno que está destinado a ser: el hombre murciélago.